程序
到目前为止，全球已出现了多种多样的森林认证体系，在不同的体系下其认证的程序也不完全一样，但主要步骤是相同的，即申请、检查（或审计）、做出决定和颁发证书。
森林经营单位在申请森林认证之前要进行自我评估，为正式认证做准备，步骤为：
第一步：评估森林认证的必要性。森林经营单位应确认本单位是否有开展认证的必要，即认证将为企业经营带来收益，诸如认证将提高产品的市场竞争力，认证的收益将超过认证成本等等。
第二步：选择合适的认证证书和认证机构。森林经营单位应根据消费者或市场对某种认证证书的需求，决定选择哪种认证体系。
第三步：开展内部评估。森林经营单位在正式认证之前，应进行内部的初步评估，包括对认证标准的选择，本地条件下标准的解释，运用标准对企业经营活动进行评估，以确定本单位符合认证要求的程度。
第四步：改进和完善森林经营管理以实现森林的良好经营。在内部评估之后，森林经营单位应对森林经营中存在的不足加以改进，例如制定明确的经营目标，采取切实可行的实施步骤。 这些工作做好以后，森林经营单位就可以正式申请认证。
费用
森林认证有两种费用：直接费用即认证本身的费用和间接费用即为满足认证要求，森林经营单位在提高管理水平、调整经营规划、培训员工等方面所支付的费用。多数情况下，后者比前者更高。
直接费用 ：直接费用又称固定费用，它包括： 森林评估和审计费用； 年度审计费用。
影响因素有： 认证机构评估的可行性； 认证实施的难易程度和规模； 森林经营单位管理体制的效果和透明度； 森林经营单位的大小、管理结构的复杂程度、 生物多样性的丰富程度、社会环境的多样性 以及有关活动记录的清晰程度。
森林认证 一般来说，热带雨林的认证费用要高于温带林，天然林的认证费用要高于人工林。
间接费用：间接费用又称可变费用，它与认证单位实施的森林经营体系质量有关。良好的森林经营体系就不必对现有的森林经营长远规划、森林作业操作规程做大的调整，也不必为培训、森林经营等进行更大的投入，从而减少为通过认证而在这些方面所支付的费用。
认证费用与认证森林的规模相关。在同等经营水平下，规模小的森林比规模大的森林的认证费用要高。
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